Kommen Verantwortliche ihrer Abgabepflicht nicht oder nicht in ausreichender Höhe nach, setzen wir für jede Tonne CO₂, für die kein Zertifikat abgegeben wurde, eine Zahlungspflicht fest. Für die Festpreisphase 2021 bis 2025 ist das der doppelte Zertifikatspreis des betreffenden Jahres.

Hat beispielsweise ein Inverkehrbringer für 500 Tonnen CO₂ im Berichtsjahr 2021 zu wenig abgegeben, so ergibt sich eine Zahlungspflicht von 25.000 Euro (500 x 2 x 25 Euro) fest. Der Verantwortliche bleibt aber weiterhin verpflichtet, die zu wenig abgegebenen Zertifikate nachträglich im nationalen Emissionshandelsregister abzugeben und damit die verursachten Emissionen vollständig abzudecken.

Nach der Festpreisphase beträgt die Zahlungspflicht 100 Euro für jede Tonne CO₂, für die kein Zertifikat abgegeben wurde. Sie erhöht sich jährlich um den Anstieg des Europäischen Verbraucherpreisindex .

Wenn ein Verantwortlicher bis zum 31.07. jeden Jahres keinen Emissionsbericht (EmB) für das vorhergehende Berichtsjahr eingereicht hat, wird sein Konto im nationalen Emissionshandelsregister gesperrt. Dann kann der Verantwortliche zwar noch die Abgabepflicht mit Zertifikaten erfüllen, aber er kann nicht mehr über die Emissionszertifikate auf dem Konto verfügen oder mit ihnen handeln. Die Kontosperrung heben wir erst dann auf, wenn uns ein ordnungsgemäßer Emissionsbericht nachgereicht wurde oder wir die Emissionen geschätzt haben.

Ferner sieht das  Brennstoffemissionshandelsgesetz (BEHG) eine Reihe von Bußgeldvorschriften vor: Verstöße gegen die Pflichten (beispielsweise eine fehlerhafte Berichterstattung) können mit Geldbußen bis zu 500.000 Euro geahndet werden.